Ketika Sosuke, seorang anak laki-laki yang tinggal di puncak tebing yang menghadap ke laut, menyelamatkan seekor ikan mas yang terdampar bernama Ponyo, ia menemukan lebih dari yang ia duga. Ponyo adalah makhluk muda yang penasaran dan energik yang mendambakan menjadi manusia, tetapi bahkan saat ia menyebabkan kekacauan di sekitar rumah, ayahnya, seorang penyihir yang kuat, berencana untuk mengembalikan Ponyo ke laut.
