Berlatar Perang Dingin, Soviet—yang dipimpin oleh Irina Spalko yang ahli pedang—sedang mencari tengkorak kristal yang memiliki kekuatan supranatural terkait dengan Kota Emas yang Hilang yang mistis. Indy dipaksa untuk pergi ke Peru atas permintaan seorang pemuda yang temannya—dan kolega Indy—Profesor Oxley telah ditangkap karena mengetahui keberadaan tengkorak tersebut.
